Als die ehemalige System Alliance am 2. Januar 2001 den Betrieb aufnahm, bildete sie einen Zusammenschluss des deutschlandweiten Stückgut-Express-Netzwerks SystemGut und der Forschungskooperation Fortras. Die meisten ihrer elf Gründungsgesellschafter sind sich aber bereits aus dem sogenannten „Elferkreis“ der 1960er Jahre vertrauensvoll verbunden. Dort haben sie sich über die Anforderungen ihres Geschäfts ausgetauscht und so die frühen Grundlagen systematischer Produktionsprozesse geschaffen.
Bereits seit dem 01.01.2022 tritt die System Alliance Hub Betriebsgesellschaft als neutraler Anbieter für ihre Kunden am Markt auf. Zuvor war sie Bestandteil der System Alliance, die Stückgutkooperation und Immobiliengesellschaft sowie den HUB unter einer einzigen Firmierung vereinte. Durch die Entflechtung und damit verbundene Neuaufstellung wurde für HUB-Nutzer ein mehrwertiger Zusatz an Flexibilität und Service erschlossen. Denn auch außerhalb des nächtlichen Hauptumschlags können Kunden nun die Leistungen des HUBs in Anspruch nehmen.